1.種業面臨“卡脖子”瓶頸制約。菌種是食用菌產業的命脈和核心競爭力。重慶市食用菌除羊肚菌因野生羊肚菌種質資源豐富可自主馴化滿足生產用種需求以外，其余菌種均依靠外調，這是最大的短板，存在風險較大。工廠化生產食用菌的菌種大部分依賴進口，再進行菌種擴繁；菌種在擴繁過程中受環境變化、雜菌和病毒侵染、超額度增加培養次數和面積等因素影響，易發生變異，導致出現品種退化、菌種老化、雜菌污染等問題，加之菌種擴繁技術不過關，造成菌種成本高，良種無法實現良繁。

2.技術支撐能力弱。重慶市食用菌科研基礎薄弱。重慶市從事食用菌研究的科研人員僅20余人，分布在重慶師范大學、重慶市農業科學院等大專院校、科研院所，僅相當于四川省食用菌研究所科研人員的三分之一。在科研人員中，既缺乏國家級的有影響力的專家，也缺乏一線的專業技術人員，無力支撐食用菌產業發展。在基礎研究方面，也僅停留在應用層面。重慶市農業農村系統技術推廣單位嚴重缺乏食用菌專業技術人才，無力支撐食用菌產業技術指導工作。萬盛經開區擬在全區8個鎮20個村布局食用菌產業（全區共56個村），將食用菌產業打造成為全區的特色主導產業，但全區尚無一名食用菌專業技術人員。市場主體的專業技術人員也出現嚴重“斷層”現象，后繼乏人。

3.精深加工薄弱，帶動能力不強。重慶市100余家食用菌加工主體，大多為烘烤、包裝等初加工企業，自動化程度不高。從事以食用菌為原料的食品加工企業不僅數量少（重慶市僅2家），年收購食用菌原料僅1300余噸，且多來自四川、湖北等地，對食用菌產業發展的帶動能力十分有限。另一方面，重慶市羊肚菌和永川、萬盛、渝北等工廠化生產的食用菌產生大量菇根、次品菇，本可作為食品精深加工原料，提高附加值，但因缺乏加工企業，目前僅作為飼料原料或干脆作為廢棄物丟棄，造成資源浪費甚至污染環境。

4.聯農帶農益農機制尚未形成，農民參與度低。重慶市食用菌生產，絕大多數由市場主體負責種植、加工、銷售，未形成專業化分工格局和聯農帶農益農機制，農民參與度極低，一般僅能從食用菌產業發展中得到土地租金和務工收入，無法分享食用菌產業發展的成果和利益。年產金針菇5萬噸、實現年產值4.2億元的重慶華綠生物有限公司，因其自動化、智能化程度較高，當地農民每年僅能從中分享務工工資收入1800萬元，僅占其產值的0.43%。黔江區2017年即出臺了食用菌獎勵政策，但由于發展產業需要一定的資金投入，且需要技術，獎勵政策也只吸引了部分業主，農民仍未真正參與食用菌產業發展，分享到產業發展紅利。